NOVA METODOLOGIA COMPUTACIONAL DE "DOCKING" PROTEÍNA LIGANDO UTILIZANDO O AUTODOCK 4

O principal objectivo do "docking" proteína-ligando é tentar prever como moléculas, tais como substratos ou potenciais fármacos, podem interagir com uma proteína alvo de estrutura 3D conhecida. O "docking" proteína-ligando pode ser utilizada para levar a cabo a análise de muitos ligandos potenciais e é uma ferramenta cada vez mais importante na descoberta de novos fármacos, uma vez que pode reduzir significativamente o número de compostos que numa fase posterior serão experimentalmente investigados. Contudo, esta metodologia requer uma grande capacidade de processamento computacional e muitas vezes são utilizados "clusters" de computador com Alto Desempenho Computacional (HPC- High Througoutput computing). Neste trabalho descrevemos um método para a construção de um "cluster" que pode ser utilizado para analisar um grande número de compostos utilizando o programa Autodock 4.0 [1] e uma plataforma HPC baseada no sistema operativo ParallelK.noppix (Linux) [2].